domingo, 6 de agosto de 2017

Focus Stacking con Picolay

Probando rápidamente y sin complicaciones el enfoque por capas (ver), usando el software Picolay (http://www.picolay.de/). Hecho en cuatro "clics". El programa de form automática fusiona los planos enfocados de cada imagen para aumentar la profundidad de campo.No queda perfecto y en la imagen final, detalles importantes no quedan claros (pata anillada del plano superior), pero no está mal por no hacer nada.

El siguiente resultado es el de tres imagenes obtenidas con un movil y una lupa binocular a 20x.

Aedes albopictus (Mosquito tigre)

Originales




sábado, 5 de agosto de 2017

Planos del procesador con LibreCAD

He estado trasteando con un programa de CAD (computer-aided design), tal vez les suene el famoso AUTOCAD. Se trata programas de dibujo industrial o arquitectónico. 
Esta es la primera vez que hago algo con uno. He utilizado el LibreCAD para rediseñar el carrusel del procesador de tejidos que tengo entre manos.

En vez de "dibujar" he preferido indicarle al "CAD" los comandos para que fuera más preciso. Sin embargo, tienes que saber los puntos donde le vas a decir que dibuje lo que sea. Ej: círculo con centro en (0,0) y radio 15.

El carrusel tiene 12 agujeros, la única dificultat es la de hallar los centros para los agujeros que no estan sobre los ejes Y o X. Para ello téngase en cuenta la siguiente imagen.

Los agujeros iran a 30º y 60º, por lo que por trigonometria \(radio*sen(alfa)=Y\) y \(radio*cos(alfa)=X\). Para trazar la línea que corta el círculito (para poder taladrar el agujero) se ha procedido encontrando dos puntos alineados con el centro de este, con el mismo método.

Bueno, si esto es raro de entender, es porque esta raro explicado. Solo son apuntes. En el fondo (y en la superficie) lo que quiero es poner el dibujito de mi plano y ya está. Pues eso es todo. Arte, arte... esto si que es arte: 



jueves, 3 de agosto de 2017

Pruebas con procesador de tejidos DIY




Sirva esto como anotación personal.

Próximos pasos:
  • Probar el servo, que ha de ir a un Pin PWM. Hacía cosas raras al iniciarse, tal vez debiera colocarle un relé. 
  • Terminar el menú que ha de constar de las siguientes secciones:
    • Preprogramas: Son las rutinas básicas como:
      • Baños de deshidratación
      • Deshidratación y xilol
      • Deshidratación, xilol y parafina
      • Solo parafina,
      • Etc.
    • Programación
      • Le especificamos que ha de hacer
    • Utilidades
      • Permite mover los motores independientes y otras acciones. Para hacer pruebas sin tener que modificar el software de la máquina.
  • Hacer la caja. En principio sería de aluminio y metacrilato. Se compondría de dos partes, inferior y superior. La parte de arriba se quitaría como una tapa dejando al descubierto el brazo con el carrusel  y los controles. El brazo y el carrusel serían fácilmente extraíbles de la carcasa.
  • Perfeccionar el sistema de “encoder” óptico. Tendría que hacer un optoacoplador especial a partir de dos de ellos y usar solo un disco de posición en vez de dos. El sensor tendrá que ser móvil y ajustable con palomilla.
  • Pruebas con el porta-cables. Una vez se tenga la caja hay que ver cómo encaja todo.  

domingo, 2 de julio de 2017

Pruebas sencillas de retoque fotográfico

A continuación se ve la imagen original de filamentos de lana, obtenido con una Nikon y un microscopio triocular en campo oscuro y justo debajo la misma en la cual se ha recortado el histograma arriba y abajo en el programa fotoxx para linux.

La cuestión es que querría poder mejorar las imágenes pero sin tener que dedicar demasiado tiempo a la edición. Por lo general me limitaba a ajustar brillo y contraste pero esta otra opción, igual de rápida parece dar bastante buen resultado a judgar por el resultado.


Cuando tenga aldo de tiempo me tengo que mirar tutoriales:
https://sites.google.com/site/hispafotoxx/05---video---tutoriales-03-el-histograma

viernes, 30 de junio de 2017

La vejez ya no es lo que era

He tomado del INE (http://www.ine.es) datos de las defunciones por edad de los años que aparecen en el gráfico. La mortalidad aumenta puesto que la población envejece. Puede verse que cada 17 años, la cúspide de la gráfica ha abanzado un lustro y que la curva se va haciendo cada vez más estrecha, es decir, se reduce la dispersión de la edad de la muerte.

También, en 1980 los que morian con 95 años o más solo eran el 7'9% de los que lo hacían en el lustro de máxima mortalidad (75-79 años), en 1997 ya eran el 18'5% y en 2015 representaron el 32'2%. De hecho, desde 1980 la probabilidad de vivir 95 años o más se ha multiplicado por 6 aproximadamente (del 1'3% al 6'7%).

Nótese, como en 2015 la curva cambia de signo, algo conocido como punto de inflexión. Este momento avanza de alrededor de los 60 años al lustro de los 75-79 años. Matemáticamente ese es el punto en que una función pasa de ser convexa a cóncava, dicho de una forma más romántica es el momento en que se deja definitivamente el valle de la juventud para adentrarse en las montañas de la senectud. 

Y es que la vejez ya no es como antes y eso que antes era todo más natural (como la lepra y las sanguijuelas).

domingo, 18 de junio de 2017

Introducing my stereomicroscope



Recently I bought a stereomicroscope, also know as binocular magnifier or dissection microscope. It is an Euromex, Novex 4-AP model. It is for amateurs, altough it has a good image quality and is robust. In my opinion, it is great value for money.

There are other models in the same Novex AP family that have more features, e.g., bottom lighting or rotating objectives with dual magnification (10x and 30x for example). But I think that I won't use those features so I just chose what I needed.

The Novax 4-AP (150€ in Amazon)


Weevilg face (20x)

White screen of a smat phone (20x)

g

Some words about the photographs: I took the images with a 2Mpixel Bressel digital eyepiece and the quality is not very good. With the stereomicroscope the best way to enjoy it is by looking through it with your own eyes because it has two eyepieces and two objectives so you can see the specimens in stereographically.  Unfortunately, photography is flat. Therefore, to evaluate the device only by its photographs is dificult, and you need to see it with your own eyes.


At present I am working on an Arduino project to make an automatic tissue processor. (using conventional- and  not stereo-microscopy). It is hard to make good microscopic slides because you must prepare the specimen in many chemical solutions sequentially and that is very time consuming, so that this device could be very useful. I will post about that new project when it is more developed.

Italki users have helped me correcting my original text.

domingo, 11 de junio de 2017

Pelos de Prades al microscopio


Pelos de poni a 40x, campo oscuro


Lana de oveja a 40x 
 

 Igual a la anterior pero en campo oscuro.
 

Detalle de lana de Oveja a 100x


Tres imagenes de lana a 40x con diferentes técnicas. Las imágenes no están editadas. Estan hechas con una Nikon D40:

Luz transmitida (normal y corriente)


Campo oscuro -de andar por casa-


Luz polarizada de andar por casa (esta hecho con dos lentes de unas gafas 3D)


domingo, 9 de abril de 2017

Hormiga en parafina

Cortes de una hormiga de cabeza gorda embebida en parafina. Cortado con micrótomo rotatorio. En los cortes de 5 \( \mu\) se conservaba el perfil del exosqueleto hueco teniendo poco interés.  Algunas imágenes del bloque de parafina y varias secciones del bloque fotografiadas con luz incidente. 

Casete para corte

Bloque x10

Sección de una pata x40

Ídem x100


miércoles, 8 de febrero de 2017

Derivadas parciales, ejemplo práctico.

La ecuación \(f=\frac{xy}{x+y}\) representa la resistencia de dos resistencias x e y puestas en paralelo. Si una de las dos es fija (x) y la otra variable, por ejemplo una resistencia y un potenciómetro, ¿Cómo variará la resistencia?

$$F= \frac{\partial f}{\partial x}(\frac{xy}{x+y})=\frac{y^2}{(x+y)^2}$$
La primera gráfica es la función \(f\) que representa la relación entre x e y. La segunda es la función \(F\) que muestra la relación de x fija e y variable. \(F\) tiene distintos valores para diferentes x. En la segunda gráfica puede verse como la curvatura de la superficie es más pronunciada en la parte que se acerca al origen de coordenadas (el 0). La superficie dibujada por \(F\) no es mas que la tasa de cambio o curvatura de la anterior.

Efectivamente, si cortamos lonchas de la gráfica de \(f\) para valores fijos de x; 30, 100 y 500 se observa lo que decíamos (para valores pequeños una cuesta mayor al principio).



Y así, puede "verse" como se comportaría la resistencia total. 

lunes, 12 de diciembre de 2016

Permisos de escritura en arduino

Reinstalando el editor de arduino en el sistema (OpenSuse 42.2) me volvía a parecer un problema ya conocido en que no me dejaba escribir en el arduino. Me daba un error de "noseque" del puerto COM1.

Recordé que tenía que pertenecer a un grupo para poder escribir en un puerto, y encontré este código que utilicé en la consola: 

toni@linux-ed7f:~> sudo usermod -a -G dialout toni

Efectivamente, mi usuario "toni" paso a pertenecer al grupo y me dejaba acceder al puerto (supongo). Pero entonces aparecía el error.

avrdude: ser_open(): can't open device "/dev/ttyACM0": Permission denied

Ahora encontré otro comando que daba permisos de escritura sobre el "device" que es la placa arduino. Y ejecutándolo pude cargar mis códigos en la placa.

toni@linux-ed7f:~> sudo chmod a+rw /dev/ttyACM0 

Lamentablemente, mi conocimiento es el justo para buscar soluciones y solo superficialmente sé explicar lo que he hecho. Aunque, eso, poco a poco va cambiando.  

Ampliación:
 23/12/2016
Poco tiempo después, instalando un Ubuntu Mate 16.04 donde el OpenSuse (no me ha terminado de gustar, aunque no está mal). Después de darme de alta en un par de grupos continuaba surgiendo el error de puerto COM1. Al final era que no había seleccionado el arduino en el puerto. Se solucionó yendo a al IDE de Ardunino y  Herramientas>Puerto y seleccionado la placa conectada

jueves, 8 de diciembre de 2016

Detalle de ornamental de la exina del polen

La exina es la capa externa de la esporodermis, la "piel" o "cascara" del polen. Aquí se aprecia su ornamentación.

Polen a 1000x

viernes, 2 de diciembre de 2016

Grano de polen

Aquí tenemos un grano de polen (1000x), encontrado en una dilución de miel. La serie de fotografiás correspondes a diferentes planos de enfoque, viene a ser como si observáramos el polen en diferentes cortes horizontales.
De momento lo único que podría decir, tras una búsqueda rápida por la Internet, es que es triporado o tricolporado (que tiene tres poros o tres aberturas respectivamente)








Cristales de sacarosa. Observación normal, campo oscuro y polarización.

Siguiendo las indicaciones del Manual de Microscopia del Sr. Bruno P. Kremer, les muestro algunos resultados sobre cristalizaciones de azúcar.

En primer lugar hice una dilución no muy saturada y puse unas gotas en unos portaobjeros y los dejé secar.

Aquí lo que se ve a 40x con el diafragma bastante cerrado para mejorar el contraste (del microscopio, claro). 

40x. Diafragma cerrado

Aquí un espectacular efecto con la técnica del campo oscuro (este campo oscuro está hecho con un trozo de cartulina negra en el porta filtros).


Aquí intenté  obtener una imagen polarizada. Se coloca un filtro en la lámpara y otro después del espécimen, en mi caso dentro del microscopio justo debajo de la cabeza con los oculares (que es desmontable). El problema es que los filtros los saque de un reloj digital y son muy malos, así que la calidad de la imagen es pésima, pero nos deja verificar el efecto. La sacarosa es ópticamente activa y hace rotar la luz .
 
Aquí con los filtros sin interferirse.


Cuando interferimos el paso de la luz colocando los filtros uno respecto a otro a 90º, se puede ver el colorido efecto.

  Estos son los "filtros" que utilicé. 

A ver si me busco unos de fotografia de calité, de hecho tenía uno bueno para una réflex pero ya no se donde esta.

Anexo. 17/06/2017

He utilizado las lentes de unas gafas 3D que son polarizadas, tal como se ve en la foto de abajo.


Aquí un par de ejemplos con sacarosa.